本发明公开了一种柔性智能手机主板芯片自动更换方法及系统,包括:对主板进行定位的步骤;识别芯片位置及其围胶路径的步骤;根据所述围胶路径进行芯片围胶清除的步骤;从主板上移除芯片的步骤;清理焊盘的步骤;检测焊盘清理效果的步骤;在所述主板上焊接芯片的步骤。本发明能够解决现有技术中对手机主板芯片更换费时费力,且不能高效自动化的缺陷,其适用于各种智能手机型号,柔性的路径针对每一个手机主板量身定做,其各个工序步骤均自动进行,与现有人工方法相比,具有效率高,适用范围广的优点,可以实现连续生产,易于工业应用。